O Projeto de Gestão Ambiental da Agrária começou em 2002 e se estenderá até 2012. Os investimentos giram em torno de R$ 17 milhões. A Cooperativa está instalando equipamentos para redução de poeira e ruídos em seus entrepostos e indústrias. Além disso, a Agrária implantou, em 2006, a coleta seletiva de lixo em todos os seus departamentos. Materiais usados são destinados à reciclagem.
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